Comisión Ejecutiva Es el órgano técnico auxiliar de la Secretaría Ejecutiva y se conforma por el Secretario Técnico y los miembros del Comité de Participación Ciudadana, con excepción de su presidente.
Sus principales atribuciones son realizar propuestas para ser sometidas a la aprobación del Comité Coordinador del Sistema Local Anticorrupción, respecto de: Las políticas integrales en materia de prevención, control y disuasión de faltas administrativas y hechos de corrupción, así como de fiscalización y control de recursos públicos; La metodología para medir y dar seguimiento, con base en indicadores aceptados y confiables, a los fenómenos de corrupción, así como a las políticas públicas integrales en la materia; Los mecanismos de suministro, intercambio, sistematización y actualización de la información en materia de fiscalización y control de recursos públicos, de prevención, control y disuasión de faltas administrativas y hechos de corrupción; Las bases y principios para la efectiva coordinación de las autoridades de los órdenes de gobierno en materia de fiscalización y control de los recursos públicos; El informe anual que contenga los avances y resultados del ejercicio de las funciones y de la aplicación de las políticas y programas en la materia; Las recomendaciones no vinculantes que serán dirigidas a las autoridades que se requieran.